미카엘 블롬크비스트는 하리에트 반예르 실종 사건으로 단초가 드러난, 스웨덴 고위층과 동구권 여성 인신매매단과의 치욕스런 역사를 추적할「밀레니엄」특집호를 발행하려고 동분서주한다. 어느 날 저녁 미카엘은 스톡홀름에서 연락이 두절된 리스베트를 발견하지만 그녀는 누군가에게 급박하게 쫓기고 있었고, 미카엘의 추적에도 불구하고 그녀를 놓치고 만다.한편 암흑가와 정객들을 곤혹스럽게 만드는 사안을 집요하게 추적했던 「밀레니엄」젊은 두 기자들이 살해를 당하고, 경찰과 언론은 이 살인사건의 주범으로 리스베트를 지목한다. 게다가 그녀를 정신이상자, 동성애자, 폭력전과자로 낙인찍고, 사건을 그녀의 계획된 연쇄 살인극으로 몰고 간다.
